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藥物化學論文投稿問題思考

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藥物化學論文投稿問題思考

一、資料與方法

選取ChineseChemicalLetters期刊2015—2017年藥物化學專業稿件中退稿(或大修)稿件328篇。根據審稿專家意見、副主編意見和編輯專業知識,按照退稿原因進行分類和分析,歸納總結并提出具體建議和措施。

二、問題與分析

(一)摘要(Abstract)的信息量不全

摘要的內容是全文的核心內容,在文獻檢索中起著十分重要的作用。摘要應該具有獨立性和自明性,并且具有與論文同等量的主要信息,即不閱讀全文,就能獲得必要的信息[2,3]。但是有些論文的摘要不能體現全文的主要內容,信息量偏少,要素不全,論述方法或結果太籠統。一般情況下,摘要由目的(Objective)、方法(Methods)、結果(Results)與結論(Conclusions)四部分組成,各部分應該具體明確,并且應該給出主要的實驗結果和結論。

(二)引言(Introduction)部分的設計思路不明確、重點不突出

引言部分要求重點突出,避免空泛,通過研究相關文獻后直接引出需要解決的問題[3]。如何指出當前研究的不足并有目的地引導出自己研究的重要性是引言寫作的一個難點和重點。引言的撰寫要有一定的邏輯性,并且不能出現較多語法錯誤。引言一般應該與結論相呼應,在引言中提出的問題,在結論中應有解答或討論說明。如果作者未能在論文的引言部分就其分子設計思想提出有說服力的依據(例如藥效團的拼合并非隨意組合等),并且對母體藥物的結構活性關系(SAR)沒有給出必要的說明,給讀者的印象是拼合片段的選擇存在隨意性,這樣就會降低審稿專家對論文創新性的評價。其次,在生物活性篩選中雖然發現了一些與陽性對照藥物作用強度相近的新化合物,但是作者對這些新化合物的優勢或潛在優勢沒有提出有說服力的觀點。文章的結論僅限于對實驗結果的一般性概括,不能體現論文實驗結果的重要性;另外,如果論文的英文寫作語法錯誤還較多,這樣的稿件一定會被退稿。例如有一篇抗菌藥物合成的論文,審稿人提出:(1)在設計思路上,作者采用片段拼合方法設計新化合物,依據不充分。建議作者在分析具有明確抗菌活性化合物藥效團基礎上,采用結構多樣的片段與藥效團接合,獲得新化合物。(2)英文撰寫需要修改,過多重復,并且存在很多語法錯誤。再例如對于4-苯氨基喹唑啉類激酶抑制劑的報道已經很多,如果還是利用該骨架進行衍生合成新化合物,關鍵是要能做出自己的特色。如果對于化合物的設計思想并沒有給出充分的理由,對于取代基的性質和種類也沒有進行詳細的研究,這樣的論文會讓審稿專家和讀者感覺化合物設計比較盲目,沒有創新的設計思路。如果根據母藥或已有藥物(leadcompound)設計新化合物,設計思想要有事實依據,指出候選藥物的不足要有文獻或數據支持,不能猜想,不然審稿人就會認為設計思想的基礎不可靠。如果發現化合物體外(體內)活性與化合物結構不符一定要分析具體原因,否則審稿人也會提出疑問。最終設計的化合物要向著活性更好的化合物結構靠近。

(三)結果與討論(ResultsandDiscussion)部分

結果與討論部分是一篇論文的核心內容,其創新結果的體現就在此部分[7]。結果歸納總結時不能簡單羅列實驗數據,討論部分要對結果進行分析、總結和提煉,要根據一定的理論基礎進行論述,而不是簡單重復實驗結果。這部分存在的問題歸納如下。

1.合成的化合物數量少或者結構單一,無法給出明確SAR。在藥物化學論文中,如果化合物的設計思想較簡單,化合物結構類型單一,或者合成的化合物活性不強,這樣的稿件就很容易被退稿。如果化合物數量和類型足夠多,討論中要對SAR進行深入討論,給出比較明確的SAR關系,這將對后續相關藥物的研究和結構設計有很大指導作用。下面結合稿件中容易出現的問題及評審專家對一些稿件的評審意見具體分析如下。例如一篇文章設計合成了6-Aryloxyoxazolo[5,4-d]pyrimidi-7(6H)-ones系列化合物,雖然在100μg/mL水平上測定了其真菌抑制率,但是并沒有進行結構活性關系研究,給出的只是初步實驗結果,審稿專家建議作者進一步進行SAR研究后,優化設計新一輪化合物并測定生物活性后重新投稿。有的論文雖然合成的化合物數量足夠多,但是化合物設計方面還有需要進一步完善的地方。例如一篇關于抗HIV活性化合物的論文,審稿專家給出了這樣的評價:“本文最大的亮點是甲基的引入,主要設計思想是形成新的范德華作用力,這一發現對該類NNRTI的結構設計具有重要研究價值。但是本文有以下幾點可完善之處:(1)對耐藥株的高活性是先導物GW878248的一個突出的優點。本文中的化合物是否仍保留了該類化合物對耐藥株的較高活性?亦即新增加的甲基是否會影響化合物構象的柔性從而影響其對耐藥株RT結合口袋的適應性?建議增加相關分子對接的證據或對耐藥株的活性數據,以便于討論。(2)先導物C環上有一個甲基,主要設計意圖為阻斷酰胺的代謝。而本文系列化合物中沒有保留該甲基,但是又沒有說明具體原因。另外,Linker上的甲基是否也有這一考慮,建議一并進行說明。”有些論文合成的化合物比較多,但是總結的結構活性關系仍然不夠完整,主要原因是對不同取代基的考察不夠深入。例如對一篇關于激酶抑制劑論文審稿專家建議:R2的取代基不只局限于Cl、F,還要考察氰基、甲氧基、乙酰氨基、甲基、三氟甲基等,除非作者能夠說明前者的必要性;希望R1取代基也能增加2-F,3-F;另外,建議補充所有未測定活性化合物的PI3Kγ酶活性,并以酶活性的結構討論SAR關系。

2.新化合物沒有13CNMR譜數據。目前合成的新化合物審稿專家一般要求給出13CNMR譜數據,因為只有1HNMR數據不能完全證明結構的正確性。另外還需要給出高分辨質譜(HRMS)數據,這些譜學數據結合化合物常規的形態、熔點和紅外光譜數據才可以證明化合物結構的正確性。如果化合物具有旋光性,其光學異構體的結構也要用基于手性試劑化學反應和核磁共振(NMR)的Mosher法、光譜法(如圓二色譜)等相應的方法確定[14]。例如對一篇藥物合成論文的目標化合物合成及結構確證方面,審稿專家提出如下意見:文章利用獨一味素(lamiophlomiol)A/B的混合物在濃鹽酸催化下與醇類化合物縮合得到相應C1位醚類化合物,但從作者在附件材料(Supportinginformation)中所提供的結構表征數據尚不足以確證C1位醚基的構型,C6位形成的羥基構型也是存在疑問的?作者有何證據證明C6羥基朝平面上方?6,7-位環氧基在濃鹽酸中開環是否可能在C6位氯代?根據作者所提供的一維1HNMR和13CNMR數據尚不能確定目標物的結構以及取代基的構型。因此,本文目標物的結構尚存在一些疑問。另外,結構表征數據也不完整,缺少比旋度及熔點數據。

3.藥物活性測試時無對照品或對照品不合適。如果藥物化學論文中化學合成部分沒有太多亮點,并且合成的化合物生物活性較低,這樣的稿件在初審時就會被退稿。合成的新化合物要有明顯的生物活性(IC50值,EC50值等)。生物活性實驗時,每個化合物濃度至少平行做三遍,這樣才能得到測量的平均值并給出測量值的標準偏差(SD)。另外,很關鍵的一點是化合物的生物活性測試時一定要有對照品,并且要選擇適合其研究內容的對照品。例如一篇關于抗轉錄病毒化合物的論文審稿專家給出了這樣的審稿意見:這篇稿件合成了一系列2,2-dimethyl-1,3-dioxolane衍生物并評價了它們抑制人類鼻病毒3C蛋白酶的活性。整篇稿件既沒有解決有趣的化學問題,也沒有提出創新的方法設計抗轉錄病毒藥物。化合物活性實驗結果顯示只有化合物7d顯示出一定活性(IC50=13.22µmol/L),但是并沒有對照藥品的活性數據。其次,該稿件的模型研究顯得非常膚淺并且沒有給化合物的結構優化過程提供可靠的支持。除了必須有合適的對照品外,生物活性評價時選擇的評價方法也要根據化合物的研究內容選擇合適的生物活性評價方法,保證對化合物的評價準確、可靠。例如審稿專家對一篇稿件的生物活性評價提出了如下建議:生物活性評價部分,建議采用直接針對EGFR的分子水平的評價方法,以排除化合物對細胞毒性、膜通透性等復雜因素造成的假陽性現象。另一篇關于黃酮類衍生物氧釩配合物的抗糖尿病研究的論文,審稿人指出雖然合成了許多化合物,但是化合物結構單一,另外建議在體內生物活性測試時要增加陽性的II型糖尿病藥物同時測定,確保生物活性測試更加完整、準確。具有抗腫瘤藥物活性的化合物作為抗菌藥物研究時,有的審稿專家認為合成的化合物不僅要測定抑制格蘭仕陽性菌(gram-positivebacterialstrain)的活性,還要測定抑制格蘭仕陰性菌(gram-negativebacterialstrain)的活性。另外還要排除化合物本身的細胞毒性對抗菌活性的影響。

4.從天然產物中分離的新化合物結構新穎性及絕對構型問題。從天然產物中分離得到的新化合物結構要新穎,并且要確定化合物的絕對構型。化合物的絕對構型最好通過電子圓二色譜(ECD),X-衍射,或者基于手性試劑化學反應和核磁共振(NMR)的Mosher法等確定絕對構型[14]。另外,所分離的新化合物要有一定的生物活性(抗癌、抗菌、抗炎等等)。如果從天然產物中分離得到的新化合物的結構類似化合物在天然產物研究中已經報道,新化合物結構的新穎性一般,結構鑒定的難度不大,就不能滿足高水平化學期刊對天然產物化合物論文的要求。其次,從天然產物中分離得到的新化合物一定要確定絕對構型,否則這樣的天然產物論文也很難被接受。最后,如果對新化合物未進行任何生物活性篩選評價,其潛在應用價值就無法體現,那么對讀者和后續研究的吸引力就不足,這樣的論文也會被退稿。

三、結論與建議

通過上面的實例歸納和分析,我們認為一篇優秀的藥物化學論文的摘要應該具有獨立性和自明性,具有與論文同等量的主要信息,要給出主要的實驗結果和結論。引言部分一定要重點突出,通過研究相關文獻后直接引出需要解決的問題。在引言中提出的問題,在結論中應該有解答或討論說明。藥物化學論文中合成的化合物要有一定的數量和結構多樣性,這樣才能總結出明確的結構活性關系(SAR)。其次,新化合物要提供13CNMR譜學數據及其他相關譜學數據,以確保合成的化合物結構正確。化合物的活性測試時要選擇合適的對照品和選擇適合的生物活性測試方法,以排除干擾,保證活性實驗結果準確、可靠。從天然產物中分離得到的新化合物結構要有一定的新穎性,其絕對構型要用合適的方法確定,最好還要有生物活性實驗結果,對讀者和后續研究提供參考。本文雖然是以ChineseChemicalLetters期刊為例研究了藥物化學專業稿件中出現的問題,提出了針對性建議和措施,但是根據藥物化學專業論文的特點,本文研究結果對提高化學期刊藥物化學專業論文的撰寫質量,推動論文及時有效發表具有借鑒作用。

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